een paar korte vraagjes en 2 hulpmiddeltjes ;)

vraag 1: Op pagina 31 staat er dat dsDNA "in zijn componenten gescheiden wordt" ùet gelelektroforese en dat er dan ssDNA van wordt gemaakt door denaturatie in 0,5M oplossing. Ik begrijp niet zo goed wat "scheiden in zijn componenten" betekent.. Weet iemand wat hiermee bedoeld wordt?

vraag 2: Ik begrijp niet zo goed (p.35) wanneer er bij de modellen van replicatie nu 1 of 2 groeivorken zijn.. Wat is eigenlijk een groeivork? Ik snap ni wrm er in model 2 maar 1 groei vork is... Ik zou 2 zeggen zoals in model 3, en dat het enige verschil tss die 2 modellen dan de richting zou zijn...

vraag 3: Wat is het verschil tss een primer en een ORI? (op p. 45 staat dat het niet hetzelfde is, maar wat is het verschil dan?)

vraag 4: p. 46 bij het principe van de 'rolling circles' lijkt het of de lagging strand repliceert van de leading strand op de tekening.. Maar dat zou heel raar zijn.. Dus dat principe is me ook niet echt duidelijk...

vraag 5: 6.2 p47 moeten we toch niet kennen hé? (da zou mr debiel zijn..)

vraag 6: Bij hydroxylamine op p52 staat er dat C-G geconverteerd wordt nr T-A. Ik weet niet van waar die T komt.. Ik zou zo zeggen: C-G wordt C*-A waarbij C* het product is uit de reactie van C met NH2OH.

vraag 7: Op p55 hebben ze het over "GATC-sequenties". Wordt er hier iets speciaal mee bedoel? Een stuk DNA waarbij de basen G A T C in die volgorde voorkomen ofzo?

vraag 8: Het mismatch corrigerend enzym (p55): de uitleg vind ik nogal onduidelijk. Dit is wat ik denk en klopt het?
MutS weet welke streng de moeder en de dochter is door de al dan niet alkylering. MutS geeft die info door aan MutL. Deze geeft die info door aan MutH. MutH gaat dan op de dochterstreng binden. Dan wordt een stukje DNA verwijderd dat de fout bevat en daarna correct gerepliceerd van de juiste moeder streng.

vraag 9: Figuur 6.11: recombinatiemechanisme p57. Aan het einde van stap 4 is de fout nog niet hersteld in de moederstreng. Is het dan de bedoeling dat we hier nu een ander herstelmechanisme op gaan toepassen (bv. Uvr ABC endonucleasen) om de fout er uit te halen en dan replicatie te doen van de inmiddels juiste dochter streng?

hulpmiddeltjes:
voor diegene die purine en pyrimidine ook altijd door mekaar halen, dit is mijn zelf gevonde trucje :
purine is een korte naam, dat moet gecompenseerd worden dus is dat een molecule met 2 ringen.
pyrimidine is een lange naam dus dat hft maar 1 ring nodig.
voor diegene dat nucleoside en nucleotide altij door mekaar halen :p :
nucleoSide heeft een S. Die komt voor de T in het alfabet. Als we de bouwstenen 1 voor 1 er bij steken (base + suiker + fosfaat) verkrijgen we eerst een nucleoSide (base + suiker) en dan pas het nucleoTide (base+suiker+fosfaat). Dat is logisch want de S komt voor de T.

De origin of replication is een plaats in het DNA waar de replicatie wordt ingezet.

Een primer is een klein stuk RNA dat complementair is aan het DNA. Dit wordt tegen het DNA 'geplakt' en verlengd door DNA pol III. Deze worden dan later verwijderd door DNA pol I.

Gesnapt?

gesnapt!
Tom T. heeft me ook de andere vragen uitgelegd trouwens!
danku Nick!
danku Tom!

Kzal da lijstje es wa aanvulle se...

1. H4: Southern blot: Nitrocellulose bindt geen dsDNA, maar wel ssDNA+probe? Da is toch dan ook dsDNA? Moet da er dan ni afvalle?
2. H5: primers: die van lagging strand is gewoon een RNA-stukske, maar wa is dan ne primer voor de leading strand? Die mens zegt "vrij DNA-stuk van de parentale streng", maar ik zie ni waar die da ineens vandaan haalt..
3. H5: Meselson-Stahl experiment: Ik snap ni goe wa die CsCl-gradiëntanalyse is en ge daar in godsnaam die "piekskes" uitkrijgt... aangezien da een examenvraag is, denk ik wel ni onbelangrijk
4. H8: Inverted repeat = dyad symmetrie? Of zijn da verschillende dinges?
5. H8: p-afhankelijke terminatie: die mens zegt da de p-factor de terminatorsequentie herkent, maar da ge da enkel nodig hebt da er "geen poly-A is en geen haarspeldstructuur"... Ik dacht dat da de terminatorsequentie was, dus kan die p-factor ni veel doen precies... Wat is die terminatorsequentie dan?

Kevin De boel schreef:Kzal da lijstje es wa aanvulle se...

1. H4: Southern blot: Nitrocellulose bindt geen dsDNA, maar wel ssDNA+probe? Da is toch dan ook dsDNA? Moet da er dan ni afvalle?
2. H5: primers: die van lagging strand is gewoon een RNA-stukske, maar wa is dan ne primer voor de leading strand? Die mens zegt "vrij DNA-stuk van de parentale streng", maar ik zie ni waar die da ineens vandaan haalt..
3. H5: Meselson-Stahl experiment: Ik snap ni goe wa die CsCl-gradiëntanalyse is en ge daar in godsnaam die "piekskes" uitkrijgt... aangezien da een examenvraag is, denk ik wel ni onbelangrijk
4. H8: Inverted repeat = dyad symmetrie? Of zijn da verschillende dinges?
5. H8: p-afhankelijke terminatie: die mens zegt da de p-factor de terminatorsequentie herkent, maar da ge da enkel nodig hebt da er "geen poly-A is en geen haarspeldstructuur"... Ik dacht dat da de terminatorsequentie was, dus kan die p-factor ni veel doen precies... Wat is die terminatorsequentie dan?

2. De primer voor leading ook gewoon RNA is.
3. Ze doen die DNA in de centrifuge en dan krijgt ge een splitsing in componenten van densiteit. Die pieken komen van UV absorptie en die absorptie hangt af van de concentratie. Dus bij die hoge pieken hebt ge hogere concentratie
5. Ik zou denken dat de stopcodon bedoeld wordt